Menurut Undang-undang tubuh negeri yang disahkan pada bulan September 1949 Yang Di Pertua Majlis adalah Tuan Mufti Negeri Sembilan. Sementara ahli yang dilantik ialah yang dipilih daripada calon-calon yang dikemukakan oleh bahagian-bahagian Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu dan ahli bangsa asing itu dilantik mengikut cadangan yang diterima daripada yang terkemuka daripada bangsa India (dengan syarat mereka ada pengetahuan cukup di dalam hal ehwal agama).
Jabatan Mufti Kerajaan Negeri Sembilan merupakan sebuah Jabatan di bawah pentadbiran Kerajaan Neger Sembilan. Peringkat awalnya ia merupakan salah satu bahagian di Jabatan Agama Islam Negeri Sembilan yang bertanggungjawab untuk membantu menasihati Paduka Seri Yang di-pertuan Besar Negeri Sembilan. Kerajaan Negeri, Majlis Aga Islam Negeri, Badan Berkanun dan Masyarakat keseluruhannya berkaitan dengan semua perkara dalam Hal Ehwal Agama dan Hukum Syarak.
Pada tahun 1996, Jabatan Perkhidmatan Awam telah mengeluarkan satu surat pekeliling mengenai pengasingan Bahagian Fatwa daripada Jabatan Agam Islam setiap negeri di Malaysia termasuk Negeri Sembilan. Pada bulan Januari 1997 Jabatan Mufti Kerajaan Negeri Sembilan dipisahkan dari pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan, yang bertempat di Tingkat 2, Bangunan Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan, Jalan Dato’ Hamzah, Seremban.
Kini, Jabatan Mufti terletak di Aras 15, Menara MAINS, Jalan Taman Bunga, 70100 Seremban, Negeri Sembilan Darul Khusus.